Moldova'nın tarihi oldukça karmaşık ve çeşitli imparatorlukların etkisi altında kalmıştır:
Antik Dönemler ve Erken Orta Çağ: Bölge, Dacia Krallığı'nın bir parçasıydı ve Roma İmparatorluğu'nun etkisi altına girdi. Daha sonra Gotlar, Hunlar, Avarlar ve Slavlar gibi çeşitli göçebe kabilelerin geçiş yolu oldu.
Moldova Prensliği (14. - 19. Yüzyıllar): Moldova Prensliği, 14. yüzyılda kuruldu ve Orta Çağ'ın sonlarına doğru güçlü bir devlet haline geldi. En parlak dönemini, Osmanlı İmparatorluğu'na karşı direnişiyle bilinen Büyük III. Stefan (Ştefan cel Mare) döneminde yaşadı. Prensliğin bağımsızlığı, 16. yüzyıldan itibaren Osmanlı egemenliği altına girerek kademeli olarak azaldı. Ancak, Osmanlı İmparatorluğu'na tam olarak ilhak edilmedi ve belirli bir özerkliği korudu.
Rus İmparatorluğu Dönemi (19. Yüzyılın Başı - 1917): 1812 Bükreş Antlaşması ile Osmanlı İmparatorluğu, Dniester ve Prut nehirleri arasındaki doğu Moldova topraklarını (Besarabya) Rus İmparatorluğu'na devretti. Bu dönemde Ruslaştırma politikaları uygulandı ve bölgenin ekonomik ve kültürel yapısı değişti. Batı Moldova ise Romanya'nın bir parçası olacaktı.
Romanya ile Birleşme ve İkinci Dünya Savaşı (1918 - 1944): 1917 Rus Devrimi'nin ardından Besarabya, Romanya ile birleşti. Bu birleşme, bölgede yaşayan birçok kişi tarafından desteklense de, Sovyetler Birliği tarafından hiçbir zaman tanınmadı. İkinci Dünya Savaşı sırasında, 1940'ta Molotof-Ribbentrop Paktı'nın ardından Sovyetler Birliği Besarabya'yı işgal etti ve Moldova Sovyet Sosyalist Cumhuriyeti'ni (MSSC) kurdu. 1941-1944 yılları arasında Alman ve Romen kuvvetleri tarafından geri alındıysa da, savaşın sonunda tekrar Sovyet kontrolüne geçti.
Sovyet Dönemi (1944 - 1991): Sovyetler Birliği döneminde Moldova Sovyet Sosyalist Cumhuriyeti, Sovyet ekonomisine entegre edildi. Endüstrileşme ve kolektifleştirme politikaları uygulandı. Bu dönemde Rusça'nın etkisi arttı ve Slav kökenli nüfusun bölgeye yerleşimi teşvik edildi. Bu durum, Moldovan kimliği ile ilgili tartışmaları da beraberinde getirdi.
Bağımsızlık ve Günümüz (1991 - Günümüz): Sovyetler Birliği'nin dağılmasıyla birlikte Moldova, 27 Ağustos 1991'de bağımsızlığını ilan etti. Bağımsızlık sonrası dönemde, ülkenin doğu kesiminde, Dniester Nehri'nin sol kıyısında yer alan ve Rusça konuşan nüfusun yoğun olduğu Transdinyester bölgesi ayrılıkçı bir çatışma yaşadı ve fiilen bağımsızlığını ilan etti. Bu durum, Moldova'nın toprak bütünlüğü açısından önemli bir sorun teşkil etmektedir ve uluslararası alanda genellikle Moldova'nın bir parçası olarak kabul edilir.